מיקרו-מחזור הוא היחידה הקצרה של התכנון - בדרך כלל שבוע אחד של ימים.
כאן מחליטים אילו ימים עמוסים, אילו קלים, ואיפה המנוחה. לדוגמה: שלושה אימוני כוח, יום קל, ושני ימי התאוששות.
המיקרו יושב בתוך מזו-מחזור, ושרשרת המזו-מחזורים בונה מאקרו-מחזור. אם המזו אומר "השבוע הזה כבד יותר מהקודם", המיקרו מפרק את זה לימים שאפשר לחיות איתם.
בפריודיזציה גלית יומית המיקרו-מחזור עצמו הוא הגל: כל יום אימון עם דגש אחר. בקונג'וגייט אותו רעיון - כמה איכויות באותו שבוע.